در قرن ۱۳ ميلادى قدرت بزرگى به ايران کنونى تسلط داشت كه پس از ۵۰۰ سال ايران را يكپارچه كرده بود، اگرچه اين نيرو اصالتاً ايرانى نبود، اما در دوران آن شهرهاى بسيار بزرگى در ايران پاى گرفت.
قدرت خوارزمشاهيان به اندازه اى بود كه در كليه دولتهاى آسياى صغير و خاور نزديك مطمئن بودند توفان چنگيز به آنها نمى رسد، اما گذشت زمان چيز ديگرى را نشان داد.
اولين برخورد
در ۱۲۱۶ براى اولين بار در دشتهاى قرقيزستان طلايه داران خوارزم با مردان چنگيز كه از نبرد با طوايف مركيت باز مى گشتند، روبرو شدند و سربازان چنگيز علاقه اى به نبرد نشان ندادند و نيمه شب عقب نشينى كردند. چنگيز در اين زمان هنوز قصد نبرد با سلطان محمد خوارزمشاه را نداشت، اما حمايت سلطان محمد عملاً او را مجبور به جنگ كرد.
مرگ فرستادگان چنگيز
حاكم اترار كه دست نشانده محمد خوارزمشاه بود، بازرگانان مغول را به جرم جاسوسى دستگير و اموال آنها را غارت كرد و سپس به دستور سلطان، آنها را كشت.
چنگيز اكنون براى حفظ آبروى خود چاره اى جز جنگ نداشت، چرا كه سلطان محمد آخرين سفير وى را نيز چندى قبل كشته بود. در ۱۲۱۹ ميلادى (۶۱۶ هجرى) چنگيزخان با عظيم ترين سپاهى كه تا آن زمان شرق به خود ديده بود، عازم اترار شد.
انهدام قشون سلطان
در ناحيه اى بين اوش و اترار سپاه چنگيز به سپاهى بزرگتر از خود برخورد. مورخين، سپاه سلطان محمد خوارزمشاهى را ۴۰۰ هزار تن ذكر مى كنند. نبردى سخت بين طرفين درگرفت، اما قدرت سواران بيابانگرد سبب بروز شكاف در صفوف سپاه خوارزم شد، از طرفى جوچى پسر چنگيز نيز در اين نبرد با ابراز رشادت مانع گريز سپاه دشمن شد و با محاصره آنها قتل عام عظيمى از اين سپاه به راه انداخت. شكست سنگين سلطان محمد سبب از بين رفتن روحيه جنگاورى خوارزمشاهيان شد و وى عملاً مرزهاى شرقى را بدون محافظ رها كرد. پس از آن، سپاه مغولى به ۳ دسته تقسيم شده و بخشى به فرماندهى جغتاى و اكتاى مأمور تسخير اترار شدند، بخشى به سمت خجند حركت كرده و خود چنگيز نيز به سمت شهرهاى آباد سمرقند و بخارا حركت كرد. تنها شهر اترار مقاومت بى نظيرى (۶ ماهه) از خود نشان داد، اما نرسيدن نيروى امدادى سبب انهدام شهر و مرگ حاكم آن شد. حاكم بخارا نيز كه ۲۰ هزار سرباز داشت، ابتدا در كنار رود سيحون با سپاه مغول درگير شد، اما پس از شكست، شهر تسليم آنها گرديد. خجند اما تقريباً بدون مبارزه تسليم شد. سمرقند آخرين شهرى بود كه مى توانست از ورود مغولان به خراسان جلوگيرى كند، چرا كه پادگان سمرقند در اختيار ۴۰ هزار نظامى ترك بود. متأسفانه تركها تصميم به تسليم كردن شهر گرفتند و اين مسأله سبب شد تا آنها نه تنها جان خود را (به دليل قتل عام) از دست بدهند، بلكه تسخير شهر با ارزش و آباد سمرقند، قدرت مغولان را دوچندان كند. چرا كه آنها از اين شهر ۳۰ هزار سرباز جديد و ۳۰ هزار صنعتگر به كار گرفتند. همچنين فتح سمرقند، دره معروف و حاصلخيز زرافشان را نيز در اختيار مهاجمان قرار داد.